单细胞RNA测序(scRNA-SEQ)最近出现了一个强大的技术来研究在单个细胞水平转录变化和调节。从大量的细胞和措施的样品中的平均表达的传统的散装RNA-SEQ池RNA。相比之下,scRNA-seq的揭示细胞细胞的异质性,在发育,分化和疾病病因的生物过程的理解提供了重要信息。这项新技术导致的基础和临床研究应用的扩张,但也带来了其独特的数据特征分析的挑战。这些包括:1)难以估计与的技术工件,由于原料和附加的样品制备程序的少量存在分子计数;2)缺乏为单细胞RNA计数数据,它比散装RNA-SEQ多官能稀疏聚类适当的方法;3)缺乏的定量测量和异质性的比较。我们建议通过开发一系列的scRNA-SEQ数据预处理和分析新的统计方法来应对这些挑战。这包括去除在RNA捕获和扩增技术偏见得到精确的分子水平的计数,确定细胞和可解释的特征组的功能类型/子类型,说明样品和细胞之间的异质性,并且识别差分异质性。本项目开发的所有方法都将被执行,作为免费,开源软件的基因组学研究界受益。 The probability model and statistical framework established in this proposal will lay a foundation for future methodology development for other single cell sequencing experiments such as single-cell ATAC-seq or BS-seq.

公共卫生相关性

基因表达的调控中发挥着人类的健康至关重要的作用。单细胞RNA测序(scRNA-SEQ)是表征在单个细胞水平上的表达变化的新技术。它提出了一个有前途的方向疾病的病因的更好的理解,并导致新的药物靶标和个性化的治疗策略。该项目将产生用于scRNA-SEQ数据预处理和分析,这将使scRNA-SEQ数据的更有效和更准确的分析新的统计方法。

机构
美国国立卫生研究院(NIH)
研究所
普通医学科学研究所(NIGMS)
类型
研究项目(R01)
项目#
1R01GM122083-01
应用#
9247497
考研
特别强调面板(ZGM1-BBCB-5(BM))
项目官员
马库斯·斯蒂芬
项目启动
2016年8月15日
项目结束
2021年7月31日
预算开始
2016年8月15日
预算结束
2017年7月31日
支持年
1
财政年度
2016
总计花费
$ 357,190
间接开销
$ 64,046
名称
埃默里大学
部门
生物统计学和其他数学科学
类型
公共卫生学院
DUNS#
066469933
亚特兰大
GA
国家
美国
邮政编码
30322
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